Artikel 3 Absatz 1 der Stiftungsurkunde umschreibt den Zweck der Stiftung wie folgt:
«Die Stiftung bezweckt
a) die Unterstützung und Förderung der medizinischen Forschung sowie der damit verbundenen naturwissenschaftlichen Hilfsdisziplinen in der Schweiz;
b) die Schaffung und jährliche Verleihung eines Cloëtta-Preises zur Auszeichnung schweizerischer und ausländischer Persönlichkeiten, die sich in besonderer Weise um bestimmte Gebiete der medizinischen Forschung verdient gemacht haben.»