Dans l’article 3, alinéa 1 de l’acte de fondation, les objectifs de la Fondation sont définis comme suit:
a. «La Fondation a pour but: de soutenir et de promouvoir la recherche en sciences médicales en Suisse, ainsi que les disciplines en sciences naturelles qui y sont auxiliairement associées;
2. de créer et de décerner chaque année un Prix Cloëtta attribué comme distinction à des personnalités suisses et étrangères ayant acquis des mérites particuliers dans des domaines spécifiques de la recherche en sciences médicales.»