Dans l’article 3, alinéa 1 de l’acte de fondation, les objectifs de la Fondation sont définis comme suit:
«La Fondation a pour but:
a) de soutenir et de promouvoir la recherche en sciences médicales en Suisse, ainsi que les disciplines en sciences naturelles qui y sont auxiliairement associées;
b) de créer et de décerner chaque année un Prix Cloëtta attribué comme distinction à des personnalités suisses et étrangères ayant acquis des mérites particuliers dans des domaines spécifiques de la recherche en sciences médicales.»